Die Farben erklären sich zum Teil historisch:

Das goldene Kreuz auf rotem Grund ist das Wappen des Fuerstentums Paderborn, zu dem Holtheim gehoert. Die Glaskugel und das Buchenblatt muessen silbern ausgefuehrt werden, da nach heraldischen Regeln nicht alle Farben miteinander kombiniert werden duerfen.

Wappenbeschreibung unterzeichnet vom NRW-Innenminister Adenauer (1966)